Bautizado en la Parroquia de Santa Maria de Iciar, el niño José Antonio Araquistain era hojo de Francisco de Araquistain y Maria de Aspillaga. Nada se sabe de sus primeros años. EI dia 2   de noviembre de 1718 toma el hábito de corista en 1os Carmelitas Descalzos de Marquina, y pasa a hacer el noviciado al convento de Santa Ana de Pamplona. Pamplona fue sede del Noviciado hasta el año 1723 en que se trasladó a Tudela; aquí permaneció hasta 1733, fecha  en que pasó a Corella; en 1790 de Corella se trasladó de nuevo a Tudela.
No tenemos ningún dato cierto acerca de sus estudios, pero no es difícil situarlo conocidas las anteriores premisas. Fue Lector de Artes durante tres años en el Colegio de Logroño; probablemente en el trienio 1736-1739. Fue Lector de Teología Escolástica en el Colegio de Pamplona durante nueve años; también probablemente en los años 1739-1748.

Trienio1748-1751: es Prelado del Colegio de Logroño, elegido en el Capitulo General celebrado en Pastrana en mayo de 1748. Durante este trienio, en el año 1750, la Provincia de Navarra le envió a Roma a fin de que agilizara la revocación del Breve de Benedicto XIV que habia suprimido aquella Provincia y la había anexionado a la de Castilla la Vieja.
Trienio 1751-1754: el P. Araquistain es Prior del Colegio de Burgos.
Trienio1754-1757: Definidor General de la Congregación Española de Carmelitas Descalzas. Permanece en el oficio hasta el 29 de abril de 1757, fecha en que se reúne el Capitulo' General y en el que es elegido Superior General de la Congregación el navarro Fr. Pablo de la Concepción (Samaniego). En el trienio siguiente perdemos toda pista de nuestro biografiado.

Trienio1760-1763: Provincial de S. Joaquín de Navarra. El 22 de abril de 1763 está de nuevo en Pastrana para asistir a J. Capitula General como Provincial cesante. Vuelve a la Provincia y se retira a  Logroño, en cuyo convento falleció el año siguiente a los 64 años. El accidente que le quitó la vida fue un dolor de costado complicado con tabardillo.
Su elogio necro1ógico nos revela su  inclinación a los libros, su especialización en temas históricos y místicos, sus  trabajos para hacer comprensible la doctrina de S. Juan de la Cruz.

Entre los manuscritos inéditos que a su muerte dejó el Padre Manuel de Larramendi (1690-1766) y que fueron a parar a la Biblioteca de la Academia de la Historia, el P. Fidel Fita encontró unos papeles manuscritos del Padre  Araquistain y los publicó en la Revista de Ciencias Hist6ricas, 1880-1881. Tenemos en primer lugar una carta dirigida al sabio jesuita por el P. Araquistain escrita en euskera y fechada en Pamplona el 15 de agosto de 1746 (al año de la publicación del "Diccionario Trilingüe" de Larramendi) en la que aparte de felicitarlo por su obra le hace algunos comentarios e indicaciones sobre su contenido. Finalmente en el manojo de manuscritos del P. Araquistain que conservaba el P. Larramendiy hay dos series de cuartetas en las que el Lector de Teologia en los Carmelitas Descalzos de Pamplona saca a relucir su vena de versificador vascongado. La primera serie se compone de 14 estrofas y termina de esta manera:

En la segunda serie, también de 14 estrofas, recurre a1 juego poético de alternar un verso vasco con otro castellano. Entre sus datos biográficos no se menciona que fuera músico, pero se conoce una canción, "Ave Maris Stella", con letra y música de Araquistain.